Bệnh Chlamydia do vi khuẩn chlamydia trachomatis gây nên. Đây là vi khuẩn nội tế bào, có tốc độ tăng trưởng và sinh sản nhân đôi rất nhanh. Chlamydia có 3 biến thể khác nhau về biểu hiện lâm sàng và sinh học:
Vi khuẩn chlamydia psittaci: thường có ở chim, lây nhiễm sang người gây bệnh sốt vẹt.
Vi khuẩn chlamydia pneumoniae: nguyên nhân chính gây bệnh về đường hô hấp.
Vi khuẩn chlamydia trachomatis: biến thể chính gây ra các bệnh lây nhiễm qua đường sinh dục hoặc đau mắt hột.
Chlamydia trachomatis là vi khuẩn đặc biệt, ký sinh bắt buộc trong tế bào sống, hình cầu, có kích thước trung gian giữa vi khuẩn và virus do hệ thống gen di truyền. Vì vậy, có thể xếp chlamydia trachomatis vào nhóm virus hoặc vi khuẩn. Chlamydia trachomatis chứa trong dịch tiết ở âm đạo, niệu đạo, cổ tử cung.